Um grande terremoto atingiu o Japão e afundou 75% de Tokyo, dez anos se passaram desde então. Igarashi Ganta, um jovem sobrevivente daquele desastre, apesar de não se lembrar dos fatos que aconteceram naquele dia, tocou sua vida pra frente e agora vive como um jovem normal. Tudo isso muda quando um misterioso homem coberto de sangue e usando uma capa vermelha cruza seu caminho. O Homem Vermelho (Akai Otoko) mata cruelmente todos os colegas de classe de Ganta, mas poupa a vida do jovem e lhe encrava um cristal vermelho no meio do peito.
